고구려 보장왕 때 도교를 받들고 불교를 박해하면서 많은 고승대덕들이 일본과 백제 땅으로 망명하게 되었다.
평양에서 수도하던 열반종의 보덕화상이 박해를 피해 전주 고달산으로 절을 옮겨와 가르침을 베풀었다. 보덕화상의 제자 되는 일승(一乘), 심정(心正), 대원(大原) 대원사에 머물며 열반종의 8대 가람으로 발전시켰다.

고려시대에는 (1260년 원종1년) 조계산 송광사의 16국사 중 제5대 자진원오국사가 55세때 대원사를 크게 중창하여 정토신앙과 참선수행을 함께하는 선정쌍수(禪淨雙修)의 도량으로 발전하였다.

그때 선문염송을 대원사에서 판각하여 참선교재로 널리 사용했으나 여순사태의화재로 많은 전각과 함께 불타고 말았다.
대원사판 선문염송의 판각본은 현재 규장각과 고려대학교 박물관에 소장되어있다.

조선시대에는 영조35년(1759년) 현정선사의 발원을 통해 극락전, 지장전, 나한전, 천불전, 사천왕문, 봉서루, 토성각, 선원, 상원암, 불출암, 호적암 등이 중건되었다고 전한다.

근대에 이르러 민족의 비극인 여순사태와  6.25를 지나면서 대원사는 극락전과 석조물 몇 점만 남기고 모두 불타버리는 비운을 맞게 된다.